Przy drodze łączącej Mogiłę z Bieńczycami w 1880 roku został postawiony krzyż. W pobliżu zbudowano trzy składy prochu i amunicji dla wojsk austriackich. Znajdowały się one w miejscu dzisiejszego os. Centrum B i Szklanych Domów. Żołnierze austriaccy trzymający straż przy magazynach często modlili się pod krzyżem. Wybuch prochowni w 1917 roku zniszczył okalające ją drzewa i uszkodził okoliczne domy. Krzyż ocalał nieuszkodzony.
W 1949 roku na polach Mogiły, Bieńczyc i Pleszowa rozpoczęto budowę nowego miasta i kombinatu metalurgicznego. Zmienił się całkowicie układ dróg. Stara droga prowadząca z Bieńczyc do Mogiły zniknęła, a krzyż pozostał samotny wśród bloków.
Mieszkańcy mogli modlić się w dwóch istniejących kościołach: w Mogile i Czyżynach. W Bieńczycach planowano zbudować kościół, ale w 1960 roku zmieniono decyzję.
Ostatecznie kościół powstał i został w 1977 roku konsekrowany. Jednak parafie były bardzo duże, a do kościoła niektórzy parafianie mieli bardzo daleko.
Pod krzyżem stojącym niedaleko bloku szwedzkiego w 1978 roku zaczęto odprawiać nabożeństwa a potem msze. Zaczęto starać się o zgodę na powstanie nowej nowego kościoła. 5 marca 1981 r. prezydent miasta Krakowa wydał decyzję zezwalającą na budowę na kościoła i zaplecza duszpasterskiego.
Władze zaproponowały, aby kościół zbudowano na skraju os. Na Skarpie, po przeciwnej stronie Placu Centralnego. Parafii odpowiadało miejsce bardziej centralne, jakim był teren w os. Szklane Domy. Zgodę na obecną lokalizację parafia otrzymała 17 marca 1982 roku.
W 1983 roku została utworzona Parafia Matki Boskiej Częstochowskiej na os. Szklane Domy, a jej pierwszym proboszczem został o. dr Niward Karsznia
Projekt nowego kościoła został wybrany w konkursie na który zgłoszono 4 projekty. Brane pod uwagę były dwa: krakowski i warszawski. Makiety zostały wystawione w . krużgankach klasztornych w Mogile. Większość wiernych wybrała koncepcję krakowską. Podobała się ona ze względu na ciekawe walory plastyczne i imponującą wysokość. Sylwetka kościoła była kolista, pnąca się stożkowo szpicem w górę, silnie kontrastowała w stosunku do istniejącego otoczenia i do tradycyjnych obiektów sakralnych. Jednak koncepcja ta, okazała się bardzo trudna do realizacji.
Został przyjęty do realizacji drugi projekt architektów z Warszawy, który nawiązywał do historycznych założeń opactw i klasztorów cysterskich. Autorami projektu byli: dr. inż. Krzysztof Dyga i mgr. inż. Andrzej Nasfeter.
Wykopy pod fundament kościoła Przedsiębiorstwo Budostal 8 rozpoczęło 22 sierpnia 1984 roku. Prace trwały od sierpnia do Bożego Narodzenia 1984 roku. W porządkowaniu terenu, a potem betonowaniu fundamentów pomagali wierni. Od maja do końca 1985 roku trwały prace przy murach części piwnicznej klasztoru.
Od początku budowy kontrowersje budziła koncepcja dachu kościoła. Według pierwotnego założenia architektów miała być wykonana z żelbetonu. Miejscowi konstruktorzy stwierdzili, że tej koncepcji nie da się wykonać systemem gospodarczym. Roman Ciesielski (profesor Politechniki Krakowskiej) zaproponował, by konstrukcję wykonać jedynie w stali i zadanie powierzyć pracownikom przedsiębiorstwa Mostostal. Zmianę koncepcji opracował Zdzisław Marzec.
Jesienią 1987 roku budynek klasztoru był już w stanie surowym, stały również mury kościoła.
9 października 1987 roku, w święto bł. Wincentego Kadłubka został przez ks. bp Kazimierza Górnego wmurowany kamień węgielny wyjęty z grobu św. Piotra w Watykanie i poświęcony przez papieża Jana Pawła II. Do kamienia dołączono akt erekcyjny i historię budowy umieszczone w uszczelnionej i zalakowanej tubie miedzianej.
Jesienią 1989 roku rozpoczęto montaż konstrukcji dachu. Prace zostały zakończone na początku, a krycie dachu blachą miedzianą do końca 1991 roku.
Konsekracja kościoła miała miejsce w 1995 roku.
Budynek składa się z cztery części. Pierwsza to kościół i kaplica. Każda z pozostałych ma osobne wejście, własny dziedziniec wewnętrzny i pełni inna funkcję. Pierwsza z wejściem od strony os. Szkolnego to sale katechetyczne i pomieszczenia służące duszpasterstwu. Przez pewien czas działało tu Męskie Liceum Ogólnokształcące pod nazwą „Kolegium św. Bernarda” –obecnie jest wynajmowane szkole branżowej.
Druga część z wejściem od strony os. Słonecznego pełni funkcję domu klasztornego cystersów.
Trzecia część z osobnym wejściem od strony tzw. bloku szwedzkiego w os. Szklane Domy składa się z części gospodarczej (na dole) i z części górnej, będącej domem zakonnym sióstr służebniczek.
Po południowej stronie kościoła została zbudowana dzwonnica. Ma kształt wieży o wysokości 18 metrów. Zawieszono w niej trzy dzwony. Każdy ma swojego patrona. Największy z nich ma na imię „Maryja” , średni „św. Bernard”, a trzeci „Błogosławiony Wincenty Kadłubek”. Wykonała je odlewnia dzwonów Jana Felczyńskiego z Przemyśla, która na każdym dzwonie umieściła firmowy napis „Fecit me Joannes Felczyński Campanarum Fusor in Premislau AD 1991”.
Źródło:
Niward St. Karsznia OCist, Powstanie parafii i budowa kościoła Matki Bożej Częstochowskiej w Nowej Hucie, Kraków 1994