Jan Paweł II odwiedził Opactwo cystersów w Mogile 9 czerwca 1979 roku podczas I pielgrzymki do Polski.
Przygotowując się do wizyty w klasztornym ogrodzie wycięto stare drzewa owocowe. Na całej długości północnej ściany bazyliki opat Bogumił Salwiński zbudował wysokie, górnego okapu dachu sięgające, trójpoziomowe podium. Na wyższym poziomie na wysokości okien nawy głównej, umieszczono tron papieski z baldachimem, a pod nim fotel dla Jana Pawła II.. Za nim powieszono malowany obraz Chrystusa Mogilskiego. Poniżej ustawiono ołtarz na którym odprawiono mszę świętą.
Na portalu YouTube zostało udostępnione 18 minutowe, amatorskie nagranie z wizyty, którego autorem jest ks. Kazimierz Malaga. Dzięki niemu można zobaczyć jak dużo krakowian ( i nie tylko) przybyło do Mogiły i poczuć atmosferę tamtego spotkania z Janem Pawłem II. Proszę zobaczyć fragmenty filmu: 1-5, 9:30-11:30 i 16-16:30