Zakon cystersów powstał 21 marca 1098 roku. Jest to pierwszy zakon o zasięgu ogólnoeuropejskim. Już w pierwszej połowie XII wieku cystersi dotarli do wszystkich krajów. W całej Europie było wtedy 700 cysterskich fundacji, w tym 9 w Polsce. Wcześniej kongregacje miały charakter lokalny. W XII wieku 15 kardynałów i ok. 100 biskupów należało do zakonu cystersów. Zakon gorliwie i skutecznie popierał ruch krucjatowy i organizował zakony rycerskie. Walczył z herezjami, choć z niewielkim efektem. Za to wielkie sukcesy osiągał w gospodarce i rozwoju techniki.
W Clairvaux w XII w. zawsze było co najmniej kilkuset mnichów, choć z tego opactwa cały czas wysyłano zakonników do różnych miejsc. A Clairvaux nie było wyjątkowe. Wstępowali do niego także profesorowie i studenci. Zakon stał się największą potęgę w świecie chrześcijańskim.
Pierwsze klasztory cysterskie powstawały na pustkowiach. Zakonnicy ograniczali kontakty z ludźmi do minimum, a w klasztorach wiedli bardzo surowe życie. Habit był biały w kolorze kolor naturalnej wełny, aby uniknąć kosztów farbowania. Zakazane było noszenie koszuli i jakiejkolwiek bielizny, o której nie wspomina reguła św. Benedykta. Mnisi posiłek jedli raz dziennie. Jedli chleb, jarzyny z solą i oliwą i owoce. Spali we wspólnym dormitorium, na siennikach i w ubraniach, ponieważ w nocy wstawali, by śpiewać psalmy w nieogrzewanym kościele.
Cysterskie kościoły i klasztory miały mieć postać możliwie najprostszą. Zakazane były obrazy, freski, rzeźby, z wyłączeniem krzyża, witraże z opowieściami czy organy. Pod wpływem św. Bernarda zabroniono nawet zdobienia rękopisów. Cystersi odrzucali procesje, a liturgia była prosta i surowa. Natomiast każdy klasztor musiał posiadać ściśle ustalony zestaw ksiąg i tekstów liturgicznych.
Ubóstwo nie przeszkadzało w powiększeniu majątku poprzez przyjmowanie nadań i kupowanie ziemi.Każdy mnich musiał pracować fizycznie i to po kilka godzin dziennie (co było wyjątkiem w świecie wspólnot zakonnych) zgodnie ze sformułowane przez św. Benedykta zasadą ORA ET LABORA (Modlitwa i praca). Początkowo mnisi sami uprawiali ziemię, jednak gdy ich gospodarstwa powiększyły się uprawą ziemi zaczęli zajmować sięi
Cystersi w Polsce
W 1140 roku powstało w Brzeźnicy, na terenie dzisiejszego Jędrzejowa pierwsze opactwo cysterskie na ziemiach polskich. Potem doszły opactwa w Sulejowie, Wąchocku i Koprzywnicy.
Opactwo benedyktyńskie w Lubiążu zostało za zgodą księcia Bolesława Wysokiego przekształcone w cysterską filię saskiej Pforty. Stamtąd cystersi przybyli do Mogiły. Fundatorem nowego opactwa był biskup krakowski Iwo Odrowąż.
Miejsce wskazane przez biskupa Odrowąża nie było całkowicie odosobnione. Istniała tam osada, a w jej pobliżu przebiegał trakt łączący Kraków z Sandomierzem i prowadzący dalej przez Lublin na Ruś. Był też kościół św. Bartłomieja i kopiec łączony z kultem pogańskim.
Pod opieką Odrowąża klasztor zaczął szybko powiększać majątek. Rozwój wyhamował po jego śmierci w 1299 roku. Swój udział miały też najazdy tatarskie w 1241 i 1260 roku. Spalono wówczas kościół klasztorny, a kilku braci zginęło. Przyjmuje się , że pierwsza faza konsolidacji opactwa zakończyła się w 1266 roku, gdy biskup Prandota konsekrował kościół klasztorny. Cystersi z Mogiły mieli wówczas 14 wsi, a z 19 pobierali dziesięciny.
W XIV wieku przy wsparciu finansowym króla Kazimierza Wielkiego dokończono budowę klasztoru. Za panowania tego monarchy pojawiają się w Mogile początki kultu Krzyża Świętego
Szczególnego znaczenia nabrało opactwo w Mogile w XV wieku. W jednym z dokumentów Władysława Jagiełły z 1414 roku zapisano, że „pośród innych klasztorów znajdujących się na terenie Królestwa Polskiego wyróżnia się ono wyjątkową pobożnością, a zamieszkujący w nim mnisi w sposób nienaruszony zachowują regułę zakonną. Decyzją Kapituły Generalnej w 1417 roku do zakonu włączono funkcjonujące przy Uniwersytecie Krakowskim kolegium cysterskie. Opaci mogilscy od 1418 roku sprawowali prawo patronatu nad kościołem św. Anny w Krakowie (będącym kościołem akademickim), a od 1429 pełnili funkcję konserwatorów praw i przywilejów Uniwersytetu.
Wzrosło też znaczenie mogilskiego opata, który od 1415 na mocy przywileju papieża Jana XXIII uzyskali przywilej posługiwania się oznakami władzy biskupiej.
Kościół klasztorny stał się nekropolią rodu Odrowążów (czyli tutaj ich chowano po śmierci), a klasztor przyjął za swój znak rodowy herb Odrowążów.
Na początku XVI wieku Mikołaj z Krakowa ukończył swoją kronikę, która jest źródłem informacji o historii zakonu cystersów w Mogile. W XVI wieku wpływ na rozwój klasztoru w Mogile mieli opaci: Erazm Ciołek i Marcin Białobrzeski. Wtedy też powstały polichromie Stanisława Samostrzelnika.
W XVII wieku klasztor niszczyły pożary. W 1716 roku założono tu Studium Filozoficzno-Teologiczne dla cystersów z Królestwa Polskiego i Wielkiego księstwa Litewskiego. Działało ono do 1819 roku.
Po I rozbiorze Mogiła znalazła się w zaborze austriackim co uchroniło ją przed kasacją (zamknięciem). W klasztorze jednak stale zmiejszała się liczba braci. W 1925 roku było ich zaledwie kilku. W celu odnowy klasztoru biskup krakowski sprowadził do Mogiły kilku zakonników ze Słowenii.
Podczas II wojny światowej Niemcy opróżnili klasztor, a kilku zakonników wywieziono do obozów koncentracyjnych. Po wojnie w 1949 roku na ziemiach klasztornych ( i okolicznych wsi) zaczęto budowę Nowej Huty.
Opracowano na podstawie: Zapomniane dziedzictwo Nowej Huty. Mogiła. katalog wystawy Kraków 2012