Według opublikowanego w 2020 roku artykułu dr Dariusza Niemca poświęconego średniowiecznym fundacjom Odrowążów najstarszym obiektem sakralnym na terenie Mogiły był drewniany kościół św. Bartłomieja ufundowany jeszcze przez przodków Iwo Odrowąża. Został on spalony w 1241 roku podczas najazdu mongolskiego i przed 1266 rokiem odbudowany przez biskupa Prandotę. 
Badacze przypuszczają, że z tego kościoła może pochodzić drewniana chrzcielnica ustawiona wtórnie na kamiennej podstawie. 
Obecny budynek kościoła został zbudowany przez cieślę królewskiego Macieja Mączkę w 1466 roku, na polecenie opata Piotra Hiszberga z Biecza. Przypomina nam o tym dedykacja, wyrzeźbiona w dębowym, gotyckim, południowym portalu kościoła. Konsekrował go w 1475 roku  biskup krakowski Jan Rzeszowski. 
Polichromie we wnętrzu kościoła zostały wykonane w 1776 roku. Na stropie namalowano św. Bernarda z Clairvaux. W medalionach portrety czterech Ewangelistów: Jana, Marka, Mateusza i Łukasza.
W prezbiterium umieszczono portrety związanych z klasztorem i parafią biskupów:
Iwo Odrowąża– fundator klasztoru
Jan Prandoty – który dokumentem z dnia 14 maja 1266, wydanym w Krakowie, oddał klasztorowi w Mogile parafię kościoła św. Bartłomieja wraz z jego uposażeniem i nadał dziesięciny dla klasztoru. 
Kardynała Zbigniewa Oleśnickiego, który w 1434 roku nadal 40 dni odpustu pobożnym, odwiedzającym kościół św. Bartłomieja i klasztorny w Mogile, zaś dokumentem z dnia 12 maja 1442 roku, wydanym w Krakowie, pozwala zakonnikom mogilskim udzielać sakramentów chrztu i małżeństwa w kościele parafialnym św. Bartłomieja w Mogile.

Na ścianie głównej prezbiterium został namalowany iluzjonistyczny ołtarz z postaciami św. Piotra i św. Pawła.
W ołtarzu umieszczono obraz patrona parafii św. Bartłomieja Apostoła namalowany w latach 20-tych XX wieku przez profesora UJ ks. Józefa Kaczmarczyka, który zastąpił wcześniejszy przedstawiający św. Bartłomieja trzymającego własną skórę w ręku. 
Na ścianach kościoła umieszczono portrety dwóch papieży – Piusa II, potwierdzającego 17 lipca 1460 roku, w Sienie, prawo udzielania przez zakonników sakramentów chrztu i małżeństwa i Innocentego X, który 13 kwietnia 1646 roku, w Rzymie, nadaje odpust zupełny bractwu św. Izydora przy kościele św. Bartłomieja w Mogile.
W kaplicach bocznych znajdują się po dwa ołtarze. W kaplicy południowej: barokowy ołtarz Matki Bożej oraz rokokowy ołtarz Matki Bożej Różańcowej należący do Bractwa Żywego Różańca (w jego zwieńczeniu umieszczono obraz św. Anny Samotrzeciej). Natomiast w kaplicy północnej: barokowy ołtarz z obrazem Matki Bożej Bolesnej (kopia obrazu ze Staniątek  wykonana w latach 70-tych lat XX wieku) i rokokowy ołtarz św. Izydora rolnika, należący do bractwa św. Izydora.
Na chórze muzycznym ośmiogłosowe XVIII wieczne organy.

Kościół św. Bartłomieja aż do drugiej połowy XX wieku był kościołem parafialnym.  Proboszczami byli cystersi do końca XVIII wieku. Potem aż do 1950 roku funkcję ta pełnili księża diecezjalni.

W 1950 roku cystersi ponownie objęli opiekę nad parafią i gdy wzrosła liczba wiernych nabożeństwa przeniesiono do kościoła klasztornego. Jednak wezwanie parafii pozostało. 

Źródło:
Niemiec Średniowieczne fundacje rodu Odrowążów w podkrakowskiej Mogile przed 1266 rokiem. Materiały Archeologiczne Nowej Huty 2020 nr XXVI s. 135-165